金石开

教授

科学与工程智能中心

教育背景
  • 2017-2023，美国莱斯大学（Rice University）生物化学与分子生物学专业，博士学位
  • 2017-2023，美国莱斯大学（Rice University）计算机科学专业，硕士学位
  • 2013-2017，浙江大学竺可桢学院生命科学专业，学士学位

 

工作经历：

  • 2026-至今，深圳河套学院，教授
  • 2026-至今，暨南大学生命科学技术学院细胞生物学系，教授
  • 2023-2025，吉利德科学（Gilead Sciences），数据科学家（高级经理级别）
研究方向
AI+新药研发、生物分子动态模拟算法、CAR-T疗法改造、临床试验优化、复杂生物系统世界模型
1. AI驱动的新药发现与分子设计
重点关注抗体等蛋白质药物、多肽药物、小分子调控剂和别构抑制剂的智能设计。研究将结合生成式模型、分子动力学模拟和结构生物学信息，推动从靶点识别、结合位点发现到候选分子优化的一体化药物设计流程。
2. 蛋白质结构与功能动态机制建模
发展融合物理规律与深度学习的计算模型，用于解析蛋白质折叠、生物大分子间相互作用等课题，为复杂生物体系的机制研究和药物设计提供理论基础。
3. 面向实体瘤的CAR-T细胞治疗优化
围绕实体瘤CAR-T治疗中靶点特异性不足、肿瘤微环境抑制和临床转化效率有限等关键问题，构建多智能体和多组学驱动的平台并系统筛选更具治疗潜力和临床可转化性的细胞治疗靶点。
4. AI辅助临床试验与智能化实验基础设施
通过连接算法、实验平台和临床数据，关注人工智能在临床前阶段、临床试验数据、复杂生物系统世界模型构建和智能化实验体系中的应用，推动AI模型从计算预测走向可验证、可追踪和可转化的研发闭环。
邮箱
shikaijin@slai.edu.cn
个人简介

金石开教授本科毕业于浙江大学竺可桢学院，博士期间在美国莱斯大学从事计算生物学研究。2023-2025年间，在美国旧金山湾区以病毒学研究为主的头部跨国药企吉利德科学（Gilead Sciences）从事AI驱动的抗体研发与临床试验相关工作。金石开教授擅长运用人工智能先进模型解决生物分子设计和临床试验中的关键问题。研究主要集中于利用分子动力学模拟以及Transformer等深度学习架构，分析蛋白质折叠机制及蛋白质动态结构-功能关系，相关论文发表于Nature Chemical Biology、Nature Communications 和PNAS等知名期刊。曾获国家高层次人才回国项目、国家优秀自费留学生奖学金、“春晖杯”创新创业大赛优秀成果奖等多项国家级奖励。

学术著作
  1. Jin S, Bueno C, Lu W, Wang Q, Chen M, Chen X, Wolynes PG, Gao Y*. Computationally exploring the mechanism of bacteriophage T7 helicase translocating along ssDNA. Proc Natl Acad Sci U S A. 2022; 119(32):e2202239119. doi: 10.1073/pnas.2202239119
  2. Jin S#, Chen M#, Chen X#, Bueno C, Lu W, Schafer NP, Lin X, Onuchic JN, Wolynes PG*. Protein structure prediction in CASP13 using AWSEM-Suite. J Chem Theory Comput. 2020; 16(6):3977-3988. doi: 10.1021/acs.jctc.0c00188 (Cover Story)
  3. Yang S#, Jin S#, Zhang M#, Chen Y, Guo Y, Hu Y, Wolynes PG*, Xiao H*. Real-time imaging of protein microenvironment changes in cells with rotor-based fluorescent amino acids. Nat Chem Biol. 2026; 22(1): 97-108. doi: 10.1038/s41589-025-02003-1
  4.  Chen X#, Jin S#, Chen M#, Bueno C, Wolynes PG*. The marionette mechanism of domain-domain communication in the antagonist, agonist and coactivator responses of the estrogen receptor. Proc Natl Acad Sci U S A. 2023; 120(6):e2216906120. doi: 10.1073/pnas.2216906120
  5. Xu L#, Jin S#, Urem M, Chen X, Lee S-J, Lamers MH, Wolynes PG*, Wuite GJL*. DNA polymerase actively and sequentially displaces single-stranded DNA-binding proteins. Nat Commun. 2025; 16(1):7431. doi: 10.1038/s41467-025-62531-1

 

科研奖励：

  1. 2025年：第20届“春晖杯”中国留学人员创新创业大赛优秀项目，教育部，唯一完成人
  2. 2021年：国家优秀自费留学生奖学金，国家留学基金委，唯一完成人